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来自九州的乡村少女风间结衣被黑暗总监招募，成为第三代麻宫咲。结衣被派往东京与失散多年的妹妹由香和由麻重逢，她们继承了家族的忍术，共同对抗名为“天皇”的超能力恐怖分子。如今，她们三人化身为女忍者，将与反派及其军队展开激战。